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Vincent Rocher
Recherche d’emploi en data science pour la fin de l’année 2021.
À la recherche d’un emploi dans le domaine de la Data Science - Intelligence Artificielle, pour commencer à la fin de mon doctorat qui se termine en fin d’année 2021.
Expérience professionnelle
Doctorant en Bioinformatique
Centre de Biologie Intégrative (CBI) - Équipe Chromatin and DNA repair
Toulouse, France
2018 - Présent
Pendant ma thèse, j’ai travaillé sur des projets à long terme en collaboration avec des chercheurs en biologie, statistique et informatique provenant de plusieurs institutions.
Compétences générales :
- Présenter & Rédiger des résultats de recherche pour des conférences & articles scientifiques.
- Veille bibliographique pour déterminer les méthodes statistiques adéquate aux données biologiques.
- Écrire les méthodes statistiques utilisées pour publication.
- Vulgarisation scientifique pour les chercheurs & les étudiants.
- Enseignement en Master de méthodes statistiques générales & spécialisés pour les données biologiques.
Traitement, Analyse, Inférence et Visualisation de données biologiques. :
- Traitement & Analyse des données biologiques “brutes” de façon à les rendre exploitables via différentes pipelines informatiques.
- Expliquer & visualiser des données complexes en utilisant des méthodes simples.
- Inférence des données biologiques en utilisant des méthodes statistiques paramétriques ou non-paramétriques.
- Mise au point de modèles de Machine/Deep Learning pour l’explication & la prédiction de données biologiques.
- Réduction de dimension pour expliquer des jeux de données à haute dimension.
Apprenti Ingénieur - Ingénieur d’Étude en bioinformatique
Centre de Biologie Intégrative (CBI) - Équipe Chromatin and DNA repair
Toulouse, France
2015 - 2018
- Mise au point de l’infrastructure logicielle pour le traitement des données de l’équipe - laboratoire sur serveur de calcul.
- Mise au point des pipelines d’outils bioinformatiques pour le traitement des données biologiques.
- Automatisation du traitement des données biologiques.
- Mise en place d’applications web “user-friendly” pour le traitement de données biologiques.
- Collaboration avec le biologiste pour la mise au point du plan d’expérience.
- Écriture du matériels & méthodes - Publication des scripts sur GitHub.
Publications sélectionnées
DeepG4 : A deep learning approach to predict active G-quadruplexes from DNA
Preprint sur bioRxiv - Soumission à Plos Computational Biology.
N/A
2021
Vincent Rocher, Matthieu Genais, Elissar Nassereddine and Raphael Mourad.
- Mise au point du modèle de Deep Learning & production des graphiques de la publication.
- Développement d’un package R pour englober l’outil.
Loop extrusion as a mechanism for formation of DNA damage repair foci
Nature 2021.
N/A
2021
Coline Arnould, Vincent Rocher,… and Gaëlle Legube.
- Traitement & analyse des données biologiques publiées.
- Manipuler des données de très grandes dimensions sous la forme de sparse matrix et simplifier ces données de façon à produire un résultat compréhensible & publiable.
- Intégrer des données multi-variées.
Comprehensive Mapping of Histone Modifications at DNA Double-Strand Breaks Deciphers Repair Pathway Chromatin Signatures
Mol Cell. 2018.
N/A
2018
Thomas Clouaire, Vincent Rocher,… and Gaëlle Legube.
- Traitement et Analyse des données biologiques publiées.
- Production des figures et inférences statistiques sur la population.
Enseignement
Introduction aux statistiques
Enseignement TP pour les Master 1 en biologie.
Université de Toulouse, France
2019 (15h)
Bioinformatique & Traitement de données de séquençage à haut débit
Enseignement TP pour les Master 1 Bioinformatique.
Université de Toulouse, France
2020 (20h)
Éducation
Doctorat en Bioinformatique
Université Toulouse 3 Paul Sabatier
Toulouse, France
2018 - Présent
Master en Bioinformatique en apprentissage en alternance (format spécial en 3 ans)
Université de Rouen
Rouen, France
2014 - 2017