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Document généré le : 2021-06-20.

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Vincent Rocher

Recherche d’emploi en data science pour la fin de l’année 2021.

À la recherche d’un emploi dans le domaine de la Data Science - Intelligence Artificielle, pour commencer à la fin de mon doctorat qui se termine en fin d’année 2021.

Expérience professionnelle

Doctorant en Bioinformatique

Centre de Biologie Intégrative (CBI) - Équipe Chromatin and DNA repair

Toulouse, France

2018 - Présent

Pendant ma thèse, j’ai travaillé sur des projets à long terme en collaboration avec des chercheurs en biologie, statistique et informatique provenant de plusieurs institutions.

Compétences générales :

  • Présenter & Rédiger des résultats de recherche pour des conférences & articles scientifiques.
  • Veille bibliographique pour déterminer les méthodes statistiques adéquate aux données biologiques.
  • Écrire les méthodes statistiques utilisées pour publication.
  • Vulgarisation scientifique pour les chercheurs & les étudiants.
  • Enseignement en Master de méthodes statistiques générales & spécialisés pour les données biologiques.

Traitement, Analyse, Inférence et Visualisation de données biologiques. :

  • Traitement & Analyse des données biologiques “brutes” de façon à les rendre exploitables via différentes pipelines informatiques.
  • Expliquer & visualiser des données complexes en utilisant des méthodes simples.
  • Inférence des données biologiques en utilisant des méthodes statistiques paramétriques ou non-paramétriques.
  • Mise au point de modèles de Machine/Deep Learning pour l’explication & la prédiction de données biologiques.
  • Réduction de dimension pour expliquer des jeux de données à haute dimension.

Apprenti Ingénieur - Ingénieur d’Étude en bioinformatique

Centre de Biologie Intégrative (CBI) - Équipe Chromatin and DNA repair

Toulouse, France

2015 - 2018

  • Mise au point de l’infrastructure logicielle pour le traitement des données de l’équipe - laboratoire sur serveur de calcul.
  • Mise au point des pipelines d’outils bioinformatiques pour le traitement des données biologiques.
  • Automatisation du traitement des données biologiques.
  • Mise en place d’applications web “user-friendly” pour le traitement de données biologiques.
  • Collaboration avec le biologiste pour la mise au point du plan d’expérience.
  • Écriture du matériels & méthodes - Publication des scripts sur GitHub.

Publications sélectionnées

DeepG4 : A deep learning approach to predict active G-quadruplexes from DNA

Preprint sur bioRxiv - Soumission à Plos Computational Biology.

N/A

2021

Vincent Rocher, Matthieu Genais, Elissar Nassereddine and Raphael Mourad.

  • Mise au point du modèle de Deep Learning & production des graphiques de la publication.
  • Développement d’un package R pour englober l’outil.

Loop extrusion as a mechanism for formation of DNA damage repair foci

Nature 2021.

N/A

2021

Coline Arnould, Vincent Rocher,… and Gaëlle Legube.

  • Traitement & analyse des données biologiques publiées.
  • Manipuler des données de très grandes dimensions sous la forme de sparse matrix et simplifier ces données de façon à produire un résultat compréhensible & publiable.
  • Intégrer des données multi-variées.

Comprehensive Mapping of Histone Modifications at DNA Double-Strand Breaks Deciphers Repair Pathway Chromatin Signatures

Mol Cell. 2018.

N/A

2018

Thomas Clouaire, Vincent Rocher,… and Gaëlle Legube.

  • Traitement et Analyse des données biologiques publiées.
  • Production des figures et inférences statistiques sur la population.

Enseignement

Introduction aux statistiques

Enseignement TP pour les Master 1 en biologie.

Université de Toulouse, France

2019 (15h)

Bioinformatique & Traitement de données de séquençage à haut débit

Enseignement TP pour les Master 1 Bioinformatique.

Université de Toulouse, France

2020 (20h)

Éducation

Doctorat en Bioinformatique

Université Toulouse 3 Paul Sabatier

Toulouse, France

2018 - Présent

Master en Bioinformatique en apprentissage en alternance (format spécial en 3 ans)

Université de Rouen

Rouen, France

2014 - 2017